Pada tahun 1978 PGA di Cibinong berganti Nama, tiga tahun pertama menjadi MTs(Madrasah Tsanawiyah Cibinong Filial Bogor) dan tiga tahun ke dua menjadi MAN(Madrasah Aliyah Negeri Cibinong). MTs di Bogor saat itu ada satu yaitu yang berlokasi di jalan Pajajaran Kepala Madrasah Bapak Enoch Budiman BA, kemudian pindah ke tegal gundil yang sekarang MTs Negeri Kota Bogor.
MTs Cibinong saat itu merupakan kelas jauh dari MTsN Bogor atau di kenal dengan Filial Bogor.
MTs Cibinong pertama berlokasi di Jl Raya Bogor Jakarta, yang sekarang AL HUDA / Tri Mitra
MTs Cibinong mengalami beberapakali perpindahan tempat belajar saat itu kelas 1 belajar dekat gudang air Cikempong sedang kelas 2 dan 3 di gedung PGA, kemudian pindah ke Belakang Daruttaqwa ( Yaperi Sekarang) dan pada tahun 1994 MTs Cibinong Filial Bogor di Negerikan Menjadi MTs N Cibinong
Pada Tahun 1996 MTs Negeri Cibinong berlokasi di " KOMPLEK PENDIDIKAN TERPADU "
Jl Raya Pemda karadenan Kab.Bogor.
Kepala Madrasah
1. Bapak H.Nuryani BA
2. Bapak H Ahrud BA
3. Bapak H Naman Samin S.Ag
4. Ibu Dra H. Euis Heryani M.MPd
5. Drs H M. Ma’Sum M.M
D